23andMe wurde 2006 von Anne Wojcicki, Paul Cusenza und Linda Avey mit dem Ziel gegründet, Gentests für ihre Kunden anzubieten. Das Unternehmen verfolgte zwei Hauptziele: Das erste bestand darin, den Menschen die Möglichkeit zu geben, ihre Gesundheit zu kontrollieren, indem sie Zugang zu ihren genetischen Informationen erhalten. Das zweite Ziel bestand darin, die Daten aus den Gentests in einer einzigen Datenbank zu sammeln, mit deren Hilfe Mediziner und Forscher Heilmittel für Krankheiten entwickeln können. Außerdem hoffte 23andMe, dass seine Option für die staatlichen Gesundheitsbehörden von Nutzen sein würde, da diese die von bestimmten Krankheiten am stärksten bedrohten Bevölkerungsgruppen identifizieren und Präventivmaßnahmen fördern könnten.
Im Jahr 2007 äußerte 23andMe die Absicht, Gentestsätze für Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNP-Chips) direkt an Verbraucher zu verkaufen. Zwei weitere Unternehmen kündigten einen solchen Plan an: deCODE Genetics und Navigenics. Die Nachricht wurde von den Ärzten mit Besorgnis aufgenommen, da sie befürchteten, dass es viele Fälle von falsch positiven und falsch negativen Ergebnissen geben könnte. Ein weiteres Problem war, dass die Kunden die DNA-Tests falsch interpretieren könnten, insbesondere bei der Bewertung ihres Risikos für bestimmte Krankheiten.
Innerhalb weniger Jahre wurden sowohl deCODE Genetics als auch Navigenics aufgekauft, aber es kamen auch neue Wettbewerber auf den Markt, wie Pathway Genomics, BGI Shenzen und Gene by Gene Ltd. Im Jahr 2013 machte Angelina Jolie den Test und teilte ihre Ergebnisse und Befürchtungen mit der Öffentlichkeit. Ihr Beispiel inspirierte Millionen von Menschen dazu, den Test durchzuführen, sich über ernsthafte genetische Veranlagungen zu informieren und deren Entwicklung zu Krankheiten zu verhindern.
Die Finanzierung des Unternehmens stammt aus mehreren Quellen: Google Ventures, Johnson & Johnson und Risikokapitalgeber. Darüber hinaus erhielt 23andMe drei Zuschüsse vom National Institute of Health zur Erforschung von Asthma und Allergien. Bis 2013 sammelte das Unternehmen 125 Millionen Dollar ein. Im Dezember 2012 fügte ein neuer Investor, Yuri Milner, eine Finanzierung in Höhe von 59 Millionen Dollar hinzu, die es ermöglichte, den Preis des Tests von 299 Dollar auf 99 Dollar zu senken. Wie Wojcicki anmerkte, öffnete ein solcher Preis vielen Menschen, die gesünder leben wollten, die Tür zum Zugang.
Die Kundenakquise des Unternehmens verlief vergleichsweise langsam: Bis 2010 kauften nur 35 000 Personen ein Testkit. Im Jahr 2013 stiegen die Zahlen, und Untersuchungen zeigten, dass die Menschen beabsichtigen, den Test in naher Zukunft durchzuführen. Im April 2013 äußerten 73 % der US-Bürger, die den Test noch nicht gekauft hatten, den Wunsch, ihn bald zu machen. 70 % der Teilnehmer an der Umfrage äußerten den Wunsch, Daten über Gesundheitsrisiken zu erhalten. 55 % erklärten sich bereit, ihren Lebensstil auf der Grundlage der Ergebnisse zu ändern.
Ende 2013 sandte die FDA ein Warnschreiben an 23andMe, in dem sie das Unternehmen darüber informierte, dass das Kit nach den Vorschriften der Behörde als Medizinprodukt und nicht als Diagnose- oder Präventionsinstrument eingestuft wurde. Um die Genehmigung der FDA zu erhalten, beschloss 23andMe, einen seiner Tests für autosomal rezessive Träger zuzulassen, damit er als Prädikat für andere Tests dienen kann. Nach Erreichen der Zulassung wurde 23andMe 2015 neu gestartet. Im Jahr 2017 wurde ein beachtlicher Meilenstein von 2 Millionen Kunden erreicht.